Il sistema di filtri base di Gmail è estremamente limitato: non essendoci i concetti di ordine/priorità tra filtri e di terminazione dell'esecuzione della catena di filtri non è possibile creare dei flussi personalizzati. A questo si aggiunge il sistema di raggruppamento dei messaggi in thread (i filtri si applicano sempre sull'intero thread e non sul singolo messaggio), e la gestione delle espressioni che, per quanto piuttosto flessibile, non sempre riesce a risolvere tutti i problemi.