Dopo l'ultimo update di fontconfig (su arch linux, ma credo la cosa valga per qualunque distribuzione) potreste iniziare a notare in console questo avvertimento, ogni tanto:

Fontconfig warning: "/etc/fonts/conf.d/50-user.conf", line 9: reading configurations from ~/.fonts.conf is deprecated.

Nessun problema reale per il momento, ma potrebbero essercene in futuro: la posizione di default del file di configurazione utente è stata spostata, e non è quindi più ~/fonts.conf.

La nuova posizione è "${XDG_CONFIG_HOME}/fontconfig/fonts.conf", e considerando che per default ${XDG_CONFIG_HOME} = "~/.config", in pratica:

~/.config/fontconfig/fonts.conf

Considerando anche la directory duale ~/.fonts.conf.d i comandi per migrare i file alla nuova posizione sono:

mkdir ~/.config/fontconfig
mv ~/.fonts.conf ~/.config/fontconfig/fonts.conf
mv ~/.fonts.conf.d ~/.config/fontconfig/conf.d

Vedi anche:

http://standards.freedesktop.org/basedir-spec/basedir-spec-latest.html