Dalla versione 7 Thunderbird ha iniziato a rompere perennemente i cosiddetti mostrando, dopo che sono stati cancellati un pò di messaggi, il popup che chiede se si vogliono compattare le cartelle.

Inutile dirgli di no, lo richiederà poco dopo... per chi ha una mole di mail molto alta il messaggio avviene veramente spesso, e la compattazione è un'operazione che stressa parecchio il disco.

Come disattivarlo?

Basta andare in Preferenze > Avanzate > Rete e spazio su disco

e disabilitare "Compattare le cartelle..." (o alzare molto la soglia)