Il problema è che il pacchetto "Tomcat6" ha come dipendenza eclipse-ecj, ma non lo mette tra le librerie standard di tomcat e quindi non lo carica (ed è necessario per poter compilare al volo i JSP).

La soluzione è inserire la libreria /usr/share/java/ecj.jar nel classpath. Per farlo velocemente e definitivamente si può aggiungere il link tra le librerie base di tomcat:

cd /usr/share/tomcat6/lib
sudo ln -s /usr/share/java/ecj.jar ecj.jar