Dopo aver installato wine vi potreste trovare con delle associazioni di file inutili, se non dannose. Ad esempio potreste trovarvi con vari tipi di file associati al notepad di windows, e se alcuni programmi (nel mio caso eclipse su java) se ne fregano delle priorità delle associazioni che avete assegnato nel sistema potreste trovarvi a veder partire wine con un semplice doppio click su un file di testo...

... situazione noiosa.

Purtroppo non c'è un modo "elegante" (leggi: una semplice opzione da spuntare) per evitare che wine si integri col desktop di linux, nonostante la problematica sia conosciuta: http://bugs.winehq.org/show_bug.cgi?id=19182

Possiamo comunque ovviare in maniera meno ortodossa...

Intanto per eliminare tutte le associazioni di wine che sono già state create:

rm -f ~/.local/share/mime/*/x-wine-extension*.xml
rm -f ~/.local/share/applications/wine-extension-*.desktop
update-mime-database ~/.local/share/mime

Per evitare che le associazioni vengano create in futuro occorre creare una variabile di sistema:

export WINEDLLOVERRIDES=winemenubuilder.exe=d

Magari inserite quella riga nel vostro ~/.bash_profile per eseguirlo a ogni sessione.

In alternativa potete anche aggiungere l'override tramite interfaccia eseguendo winecfg, andando nel tab "Librerie" e creando una sostituzione per la libreria "winemenubuilder.exe", disabilitandola.

Da notare che questa operazione farà si che ogni tanto wine si lamenti della mancanza della libreria... ignorate la cosa.

Altre info su:

http://bugs.winehq.org/show_bug.cgi?id=19182

https://wiki.archlinux.org/index.php/Custom_File_Associations