Problema: occorre cambiare il percorso dove Mysql salva i dati dei database (datadir), quindi editiamo il file /etc/mysql/my.cnf, impostiamo datadir di conseguenza, riavviamo mysql e... non funziona niente!

Il motivo è Apparmor un sistema di sicurezza usato da Ubuntu per evitare manipolazioni spiacevoli del sistema. Questa applicazione, tra le altre cose, definisce dei "range di disco" che i processi possono andare a lavorare, e nello specifico definisce dove mysql può salvare i suoi file.

Per questo motivo se si vuole cambiare la datadir occorre aggiornare di conseguenza anche i paramentri di Apparmor.

E' semplice:

sudo vi /etc/apparmor.d/usr.sbin.mysqld

Cerchiamo la riga contenente il vecchio percorso (in genere /var/lib/mysql) e lo sostituiamo con il nuovo.

Quindi:

service apparmor reload
service mysql restart

Fonte:

http://www.ubuntugeek.com/how-to-change-the-mysql-data-default-directory...