Problema: occorre cambiare il percorso dove Mysql salva i dati dei database (datadir), quindi editiamo il file /etc/mysql/my.cnf, impostiamo datadir di conseguenza, riavviamo mysql e... non funziona niente!
Il motivo è Apparmor un sistema di sicurezza usato da Ubuntu per evitare manipolazioni spiacevoli del sistema. Questa applicazione, tra le altre cose, definisce dei "range di disco" che i processi possono andare a lavorare, e nello specifico definisce dove mysql può salvare i suoi file.