Il problema è che da quando Gtk è stato aggiornato alla versione 3.16 è cambiato il sistema di theming e il tema "ponte" tra gtk e kde, ossia oxygen-gtk3, non funziona più. Aspettando che gli sviluppatori ci mettano una pezza, la soluzione più veloce è rimettere il tema gnome di default.

Basta editare il file ~/.config/gtk-3.0/settings.ini, commentando la voce gtk-theme-name.

Ora le applicazioni si vedranno nuovamente in maniera decente (anche se non con il tema di KDE).